To zavisi od tipa vakcine – da li je živa/mrtva, bakterijska/virusna itd. Većina ih je u vidu injekcija što, naročito za dečji uzrast, nije naročito popularno. One se najčešće daju u ruku (kod dece uzrasta do 12 meseci u butinu) – neke od njih u mišić (intramuskularno), kao vakcina protiv difterije, tetanusa i velikog kašlja, protiv hepatitisa B i druge; neke se daju u dublje slojeve kože (intradermalno), kakav je slučaj kod vakcine protiv tuberkuloze. Čitav niz vakcina daje se potkožno (supkutano) – jedna od njih je i MMR.

Postoje, srećom, i prihvatljiviji, neinvazivni načini primene vakcina. Tako se polio vakcina, za razliku od ostalih pomenutih, daje kapaljkom ili kašičicom u usta, da dete popije. Na isti način se primenjuju još neke vakcine koje kod nas nisu obavezne, npr. vakcina protiv kolere i trbušnog tifusa. Vakcina protiv gripa primenjuje se prskanjem spreja na nosnu sluznicu (paranazalno).